复旦大学附属中山医院呼吸科创建于上世纪30年代，奠基人为吴绍青教授。在国内首先开展肺功能检查和呼吸衰竭抢救，并率先研发肺功能仪器和呼吸机。1997年连袂华山医院呼吸科、儿科医院呼吸科、肿瘤医院肺癌组和上海市肺科医院成立呼吸病研究所。1997年被列为“211工程”发展规划的重点学科；1999年被批准兼管上海市院内感染质控中心；2003年被批准兼管上海市呼吸内科临床质控中心；2004年被批准为上海市医学重点学科，并被批准建立复旦大学“985工程”－肺损伤和炎症科技创新平台。此外还兼管中山肺部肿瘤综合诊疗中心和鼾症中心。共有医师26名，其中教授8名，副教授5名，博士生导师6名、硕士生导师4名。
中山医院呼吸科临床部分由门诊(包括普通门诊和哮喘、鼾症、肺部肿瘤等特色门诊)和病房（普通病房、急诊周转部病房、肺部肿瘤综合治疗病房、呼吸监护和特需病房以及分部呼吸病房）组成，共有病床152张。在呼吸衰竭、肺部肿瘤诊疗、肺部感染和呼吸康复方面具有特色。最早在国内开展肺功能检查和呼吸衰竭抢救工作，开展的医疗新技术有介入性纤支镜、肺部肿瘤综合诊疗、肺部感染诊断和鉴别诊断、呼吸衰竭治疗新技术、全麻密闭加压给氧分侧肺盥洗术以及胸肺介入技术和胸腔镜等，经常派出专家参加上海和各省市的疑难病例会诊，并经常受邀请参加国内外的学术讲座和报告。
在相继承担国家“七五”、“八五”和“十五”攻关项目基础上，最近又招标到复旦大学“985工程”－肺损伤和炎症科技创新平台、上海市医学重点学科卫生局重点项目、美国国立卫生研究院（nih）和国家自然科学基金、卫生部基金和上海市科委重大科技攻关等课题40余项，近5年获得科研经费总计人民币1500余万，美元12万。出版各种专著18部，在国内外著名杂志发表了大量论文。先后获得卫生部科技进步奖5项，上海市科技进步奖5项。已培养博士和硕士研究生69名，博士后1名。目前在读研究生16名，博士后1名。
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